Risale al 1908 quello che fu definito uno dei primi miracoli di Padre Pio. Trovandosi nel convento di Montefusco, fra Pio pensò di andare a raccogliere un sacchetto di marroni da mandare alla zia Daria, a Pietrelcina, che gli aveva sempre dimostrato un grande affetto. La donna ricevette le castagne, le mangiò e conservò il sacchetto per ricordo. Qualche tempo dopo, una sera, facendosi luce con una lampada ad olio, zia Daria andò a rovistare in un cassetto dove il marito custodiva la polvere da sparo. Una scintilla appiccò il fuoco ed il cassetto esplose investendo la donna in pieno volto. Urlando di dolore zia Daria prese dal comò il sacchetto che aveva contenuto le castagne di fra Pio e lo pose sul viso nel tentativo di porre sollievo alle ustioni. Immediatamente il dolore scomparve e sul volto della donna non restò alcun segno delle bruciature. Durante la guerra il pane era razionato. Al convento di Santa Maria delle Grazie c’erano sempre più ospiti e i poveri che venivano a chiedere la carità erano sempre più numerosi.
Un giorno, quando i religiosi si recarono in refettorio, nel cesto c’era mezzo chilo di pane. La comunità pregò il Signore e sedette a mensa per mangiare la minestra. Padre Pio si era fermato in Chiesa. Poco dopo arrivò con parecchi filoni di pane fresco. Il Superiore gli disse “dove li hai presi?” – “Me li ha dati una pellegrina alla porta”, rispose. Nessuno parlò, ma tutti avevano compreso che solo lui poteva incontrare certi pellegrini. Una mattina il sacrista si era dimenticato di far consacrare le particole per la comunione. Nella pisside ne erano rimaste pochissime. Terminate le confessioni , Padre Pio cominciò a distribuire la comunione ai fedeli, che erano moltissimi. Li comunicò tutti, e nella pisside avanzarono ancora delle particole. Una figlia spirituale di Padre Pio, sul bordo della strada, leggeva una lettera del Frate. Il foglio le sfuggì di mano e il vento lo fece rotolare per la discesa. Era già lontano quando si arrestò su una pietra e la signorina poté recuperarlo. L’indomani Padre Pio le disse: “Fate attenzione al vento la prossima volta. Se non ci avessi messo il piede sopra, la mia lettera sarebbe finita a valle”. Verso la fine della Quaresima, Paolina, questo il nome della protagonista dei miracolo, si ammalò gravemente, tanto che i medici non le diedero speranze. Il marito con i cinque figli, si recò al convento, supplicando Padre Pio che cercava di consolare i due bambini piccoli, aggrappati al saio, promettendo preghiere e niente più.
Qualche giorno dopo l’inizio della Settimana Santa, Padre Pio si contiene diversamente. A coloro che imploravano la sua intercessione per la guarigione di Paolina, il Padre diceva con voce ferma: “Resusciterà il giorno di Pasqua”. Il venerdì Santo Paolina perse conoscenza, all’alba del sabato entrò in coma. Dopo qualche ora l’agonizzante si immobilizzò. Era morta. Alcuni familiari di Paolina presero il vestito da sposa per vestirla secondo la tradizione del paese, altri, disperati, corsero al convento. Padre Pio ripeteva : “Resusciterà…”, avviandosi all’altare per celebrare la S. Messa. Nell’intonare il Gloria, mentre il suono delle campane annunciava la resurrezione di Cristo, la voce di Padre Pio fu rotta da un singhiozzo mentre i suoi occhi si riempirono di lacrime. Nello stesso momento Paolina “resuscitò”. Senza alcun aiuto scese dal letto, si inginocchiò e, a voce alta, recitò tre volte il Credo. Poi si alzò in piedi e sorrise.La mattina del 6 gennaio 1955, mentre una donna era in chiesa, alla Santa Messa, insieme al marito, sua figlia, che era rimasta a casa con i nonni e uno zio, cadde in una caldaia di acqua bollente,riportando una scottatura di terzo grado all’addome e nella regione posteriore. Subito la donna supplicò Padre Pio di aiutarli, di salvare la bambina. Il medico, venuto un’ora e mezzo dopo la chiamata, consigliò di portarla in ospedale perché temeva che morisse. Mentre si stava preparando per andare in ospedale (era quasi mezzogiorno), la bambina, rimasta sola nella sua cameretta, la chiamò, dicendo: “Mamma, la bua non c’è l’ho più”; continuando: “E’ venuto Padre Pio. Mi ha messo la bua della sua mano sopra la mia”.
I contadini di San Giovanni Rotondo, ricordano con piacere un avvenimento. Era primavera, i mandorli fioriti promettevano un buon raccolto ma improvvisamente, sopraggiunsero milioni di voracissimi bruchi che, avanzando compatti, divoravano foglie e fiori. Dopo due giorni, dopo aver tentato inutilmente di arrestare quel flagello, i proprietari, per molti dei quali le mandorle erano l’unica risorsa economica, ne parlarono a Padre Pio. Questi, dalla finestra del convento che si affaccia sulle piantagioni, osservò un pò i mandorli semi sepolti da quel brulicare quindi decise di benedirli. Rivestita la cotta e la stola, cominciò a pregare. Terminate le preghiere prese l’aspersorio dell’acqua benedetta e tracciò nell’aria, in direzione dei mandorleti, un gran segno di croce. L’indomani i bruchi erano scomparsi, ma i mandorli nudi come bastoni attestavano la portata del disastro: raccolto interamente perduto. E invece… E invece, incredibile! Si ebbe un raccolto abbondantissimo, un raccolto come mai si era avuto. Ma come poterono alberi senza fiori dare frutti? Come poterono dare mandorle dei mandorli ridotti a dei semplici pezzi di legno infilati in terra. Gli esperti e studiosi di botanica non hanno mai saputo rispondere. È meno noto l’ humour di cui San Pio da Pietrelcina era capace. Un uomo era andato fino a San Giovanni Rotondo per incontrare Padre Pio, ma c’era in giro una tale folla che era dovuto tornare a casa sua senza averlo potuto vedere. Mentre si allontanava dal convento, sentì il meraviglioso profumo che promanava dalle stimmate del religioso e ne fu confortato. Qualche mese più tardi, mentre attraversava una zona di montagna, respirò di nuovo il medesimo profumo.
Si fermò e restò alcuni istanti come in estasi, annusando lo squisito profumo. Quando tornò in sé, si rese conto che si trovava al bordo di un precipizio e che, senza il profumo del religioso, avrebbe continuato ad avanzare. Si decise a tornare a san Giovanni Rotondo per ringraziare Padre Pio. Quando arrivò al convento, Padre Pio, che non l’aveva mai visto, lo apostrofò sorridendo: «Figlio mio! Sta’ attento a dove cammini!». Una donna soffriva di terribili emicranie, al punto che si decise a mettere una foto di Padre Pio sotto al cuscino, sperando che il dolore sparisse. Dopo svariate settimane, il dolore era ancora là; presa dal suo temperamento sanguigno, la donna esclamò: «D’accordo, Padre Pio: visto che non mi hai voluto liberare da questo malanno, per punizione ti metto sotto al materasso». Qualche mese più tardi, si recò a San Giovanni Rotondo per confessarsi dal frate. Appena si era inginocchiata al confessionale e il religioso, dopo averla fissata intensamente, le sbatté davanti lo sportello del confessionale con un colpo secco. La donna restò pietrificata, completamente sbalordita da quella reazione inattesa, al punto che non riuscì a spiccicare parola. Qualche istante più tardi, lo sportello si riaprì e Padre Pio, sorridendo, le disse: «Non ti è piaciuto, vero? Eh, neanche io ho apprezzato essere messo sotto al materasso!».