I profumi sono una caratteristica delle visite spirituali di Padre Pio. Sembrerebbe infatti che dal cielo Padre Pio manifesti la sua presenza sulla terra con dei profumi particolari. Se il profumo di rose, in particolare, indica proprio la presenza del Santo, il profumo dii aceto indica la piena vittoria di chi ha chiesto l’aiuto del frate sul male, sulle difficoltà e sulle mille tentazioni con cui il Demonio distrae l’uomo. Il profumo di aglio è un consiglio da parte di Padre Pio di seguire la strada intrapresa senza guardarsi indietro; il profumo d’anice è quello della speranza, della fiducia nell’aiuto del Santo Padre; il profumo di basilico è la richiesta di tenersi in contatto con lui, specialmente rivolta a chi sta lottano contro un male fisico o spirituale. Ed ancora: il profumo di biancospino indica la soddisfazione per la corretta osservazion e dei precetti della fede cattolica, della Messa e dei Sacramenti di buon cristiano; il caffè è un invito alla tranquillità, allontanando ansie e assilli quotidiani; la canfora è l’odore della guarigione, la cera è il simbolo della fede, della fedelità alla Chiesa e ai suoi dogmi; i gigli sono simbolo di purezza.
Con l’incenso ci spinge a pregare con frequenza e perseveranza per ottenere grazie spirituali e materiali dal Signore e con la lavanda indica il superamento di situazioni negative che impediscono l’armonia familiare. Al contrario, il profumo di acido fenico precede un periodo difficile dell’esistenza di chi ha chiesto l’aiuto e il sostegno del Santo francescano di Pietrelcina; il profumo di amaro indica la presenza incombente della morte; il catrame è un richiamo a chi ha intrapreso una strada sbagliata a raddrizzarla con la preghiera e con l’impegno quotidiano; il profumo di gomma bruciata indica il perdono dei peccati ed il ritorno ad una condizione di grazia presso il Padre nei cielo; il profumo di latte bollito indica un imminente intervento chirurgico. Ed ancora cioccolato (bisogna sostenersi), farina (arrivo della Provvidenza), fiori misti (sottomissione), garofani (raggiungimento della fedelità e della sincerità); gelsomini (impegno con Dio), gerani (non affaticarsi); menta (devozione alla Madonna); salvia (salute); sangue (fare la volontà di Dio), vaniglia ( aiuto in un intervento operatorio); zucchero bruciato (presenza diabolica).