“Il mio post di ieri sull’omoplasia di SARS-CoV-2 ha suscitato enorme interesse tra i lettori, e questo è molto bello. Qualcuno mi ha detto che la voce “omoplasia” è stata brevemente tra le più citate su Google Italia. Non avrei mai pensato di avere tanto potere! Purtroppo, in questo bailamme, alcuni lettori — forse confusi da cattive letture — hanno immaginato una contraddizione tra il finale del mio articolo (“solo degli analfabeti della virologia possono tacciare di pseudo-scienza l’ipotesi secondo cui tale robusto pattern di mutazioni omoplasiche possa risultare in un fenotipo virale a virulenza attenuata”) ed un tweet dell’autore dello studio, Francois Balloux (“there is no evidence SARS-CoV-2 has become weaker at this stage”)“: la precisazione e i chiarimenti sul concetto di omoplasia e sui modelli matematici arrivano dal virologo Guido Silvestri, della Emory University di Atlanta, riferendosi alla “Pillola di Ottimismo” pubblicata ieri.
“Provo a spiegare rapidamente perché le due frasi NON sono minimamente in contraddizione. Bisogna partire dalla differenza tra IPOTESI ed EVIDENZA. L’evidenza sono i dati sperimentali confermati, mentre l’ipotesi è un’idea provvisoria il cui valore deve essere dimostrato (o negato). L’ipotesi precede gli esperimenti, i cui risultati formano l’evidenza. Ci siamo, vero?
Nei giorni scorsi, l’IPOTESI che SARS-CoV-2 si stia attenuando è stata proposta sulla base di osservazioni cliniche (i pazienti sembrano meno gravi adesso che a marzo) e del noto fenomeno per cui i virus tendono a co-evolvere con l’ospite causando una infezione meno patogenica.
Lo studio di Balloux non rappresenta EVIDENZA che il virus sia diventato piu’ debole — non potrebbe farlo, perché l’attenuazione è fenomeno fenotipico, non genotipico. Quindi il commento di Balloux è verissimo. Al contempo, lo studio provvede ulteriore razionale scientifico affinche’ si formuli e testi l’IPOTESI di una attenuazione virale. Questo perche’ l’omoplasia in genere indica adattamento tra virus ed ospite, che di solito, a sua volta, risulta in ridotta virulenza.
Riassumendo: l’ipotesi dell’attenuazione virale è da dimostrare ma è plausibile (e tutt’altro che “pseudo-scientifica”) e non c’è contraddizione tra le mie parole ed il commento di Balloux.
2. Un gruppetto di squadristi social sono venuti qui ad insultarmi accusandomi di aver detto che “tutti i modelli matematici” sono sbagliati. Ovviamente non ho detto questo, perché non sono un imbecille. Ho scritto invece che alcuni modelli matematici sono sbagliati (sapete quali) e non dovrebbero essere usati. Per far capire che io non sono affatto contrario ai modelli ecco qui i papers di cui sono autore che sono basati sull’uso di un modello matematico:
1. Regoes R, et al. The role of target cells and specific cellular immunity in primary SIV-infection. J Virol, 2004, 78:4866-4875.
2. Gordon SN, et al. Short-lived infected cells support virus replication in naturally SIV-infected sooty mangabeys: implications for AIDS pathogenesis. J Virol, 2008, 82:3713-3724.
3. Pandrea I, et al. SIVagm dynamics in African green monkeys. J Virol, 2008, 82:3713-3724.
4. Lay MDH, et al. Is the gut the major source of virus in early SIV infection? J Virol 2009, 83:6517-23.
5. Kouyos RD, et al. Similar impact of CD8+ T cell responses on early virus dynamics during SIV infections of rhesus macaques and sooty mangabeys. PLoS Comp Biol 2010; 6(8) e1000901
6. Chan ML, et al. Weak homeostatic CD4+ T cell proliferative response leads to preservation of CD4+ T cell counts in SIV-infected Sooty Mangabeys. Proc R Soc Med 2010; 277: 3773-81.
7. Klatt NR, et al. Depletion of CD8+ T cells does not affect the lifespan of infected cells during pathogenic SIVmac239 Infection of rhesus macaques. PLoS Pathogens 2010 Jan 29;6(1):e1000747.
8. Elemans M, et al. Why don’t CD8+ T cells reduce the lifespan of SIV-infected cells in vivo. PLoS Comp Biol, 2011; 7(9):e1002200.
9. Petravic J, et al. Estimating the contribution of the gut to plasma viral load in early SIV infection. Retrovirology, 2013; 10:105.
10. McGary C, et al. Increased stability and limited proliferation of CD4+ central memory T cells differentiate non-progressive SIV-infection of sooty mangabeys from progressive SIV-infection of rhesus macaques. J Virol, 2014; 88:4543-52.
11. Micci L, et al. CD4 depletion in SIV-infected macaques results in macrophage and microglia infection with rapid turnover of infected cells. PLoS Pathogens, 2014 Oct 23;9(10):e109791.
12. Ortiz AM, et al. Analysis of the in vivo turnover of naïve and memory CD4+ T-cell subsets in chronically SIV-infected sooty mangabeys. PLoS ONE, 2016 May 26;11(5):e0156352.
13. Cao YF, et al. CD8+ Lymphocyte Control of SIV Infection during Antiretroviral Therapy PLoS Pathogens, 2018;14(10):e1007350. doi: 10.1371
PS: I due grafici qui sotto il numero dei casi e di morti da COVID-19 secondo E-CDC. Credo che siano curve dall’andamento interessante.”
