È pronto il primo software in grado di assemblare un intero DNA in pochi giorni, senza buchi e senza errori, a partire proprio da quello dell’uomo. Questo innovativo programma si chiama Verkko, che in finlandese vuol dire ‘rete’, e ha spinto l’acceleratore sulla ricerca scientifica, non solo per il genoma umano ma anche per quello di tante altre specie. Si aprono nuovi scenari anche nell’ambito della medicina personalizzata.
Il risultato, pubblicato sulla rivista Nature Biotechnology, è stato ottenuto da ricercatori dei National Institutes of Health (Nih), l’agenzia americana per la ricerca sulla salute, e prende avvio dal progetto internazionale Telomere-to-Telomere (T2T), che lo scorso anno ha pubblicato la sequenza più completa e senza lacune del genoma umano.
Un processo rapido per assemblare il DNA
“Abbiamo preso tutto ciò che abbiamo imparato nel progetto T2T e automatizzato il processo”, spiega Sergey Koren, responsabile della ricerca. “Ora con Verkko basta premere un pulsante per ottenere automaticamente una sequenza completa del genoma”. I ricercatori del progetto T2T hanno impiegato diversi anni, per completare la sequenza in modo manuale quell’8-10% del DNA umano. Adesso con questo software gli studiosi potranno completare lo stesso procedimento in un paio di giorni.
Il processo di Verkko nell’assemblaggio del DNA
Assemblare un’intera sequenza di DNA è un po’ come completare un puzzle nel quale i pezzi possono essere piccoli e dettagliati oppure grandi ma poco precisi. Verkko inizia mettendo insieme i pezzi più piccoli, creando molti segmenti disconnessi tra loro. A questo punto, il software confronta le regioni già assemblate con i pezzi più grandi che ha a disposizione. Essi servono da ‘cornice’ per mettere in ordine le varie parti.
Il prodotto finale è una sequenza genomica dettagliata e completa. I ricercatori hanno già testato le capacità di Verkko con sequenze umane e non, constatando la velocità e la precisione con cui il sistema ha ricostruito interi cromosomi, un compito che un tempo rappresentava un’impresa.
