In un episodio straordinario che segna una pietra miliare nell’evoluzione del virus SARS-CoV-2, due persone vaccinate con almeno cinque dosi sono finite casualmente ricoverate nello stesso reparto ospedaliero di Stoccolma. Entrambe, senza sintomi legati al COVID-19, erano affette da due diverse varianti del virus. Ma è qui che la situazione assume una svolta sorprendente: le due varianti del virus, attraverso un processo di ricombinazione naturale, hanno dato origine a una nuova variante del SARS-CoV-2. Questo evento è stato documentato in una lettera pubblicata su The Lancet Microbe, segnalando la prima volta in cui un ricombinante virale è stato osservato e tracciato in tempo reale all’interno di un ospedale.
La scoperta di una nuova variante
Il caso risale all’ottobre del 2023, quando durante la sorveglianza genomica di routine sul SARS-CoV-2 a Stoccolma, i ricercatori hanno rilevato una variante del virus non ancora osservata prima. Questa nuova variante è stata identificata in un paziente asintomatico, che pochi giorni prima era risultato negativo a un test PCR. La variante aveva una struttura genomica mista: la porzione iniziale del suo genoma era derivata da HV.1, un sottolignaggio della già nota variante XBB, mentre la parte finale proveniva da BA.2.86.1. Il punto di rottura tra le due varianti si trovava alla giunzione dei geni orf1b e S, una caratteristica tipica delle ricombinazioni virali.
La scoperta ha acceso immediatamente l’interesse della comunità scientifica, poiché la ricombinazione è un processo che, pur essendo una parte naturale della replicazione dei virus, non era mai stata osservata con tanta precisione in SARS-CoV-2 in un contesto ospedaliero. “Le co-infezioni acute con due o più varianti di SARS-CoV-2 in individui vaccinati forniscono condizioni sufficienti per generare ricombinanti trasmissibili“, si legge nella pubblicazione.
Il caso clinico e l’inizio della co-infezione
Entrambi i pazienti coinvolti erano stati vaccinati con almeno cinque dosi di vaccino contro il SARS-CoV-2, con l’ultima somministrazione avvenuta circa sei mesi prima del ricovero. Nessuno dei due era stato ricoverato per complicazioni legate al COVID-19, ma piuttosto per motivi clinici del tutto diversi. È interessante notare come uno dei due pazienti fosse co-infettato contemporaneamente da entrambe le varianti virali HV.1 e BA.2.86.1. Secondo i dati riportati, questo paziente presentava circa il 30% della componente virale BA.2.86.1, mentre la maggioranza delle particelle virali apparteneva alla variante HV.1.
Durante il loro ricovero, durato otto giorni nello stesso reparto, la variante ricombinante ha avuto origine e si è poi trasmessa all’altro paziente. La prova della trasmissione diretta tra i due individui è stata supportata dalle sequenze genomiche del virus: le sequenze virali isolate dai due pazienti condividevano sei mutazioni rare, a dimostrazione del fatto che la nuova variante era emersa proprio in quel contesto.
Un evento eccezionale
La ricombinazione è un fenomeno noto per i coronavirus, ma la sua documentazione diretta in SARS-CoV-2 è stata finora limitata. La maggior parte degli eventi di evoluzione virale è stata associata a mutazioni puntiformi, come è accaduto in pazienti immunocompromessi con infezioni croniche. Tuttavia, in questo caso, si trattava di una co-infezione acuta tra due persone clinicamente vaccinate, cosa che dimostra come la ricombinazione non sia solo un rischio limitato ai soggetti più vulnerabili.
“Per quanto ne sappiamo, è stato stabilito per la prima volta un collegamento epidemiologico tra la co-infezione di origine e il ricombinante risultante“, affermano gli autori dello studio. La sorveglianza genomica, che nel corso della pandemia ha permesso di monitorare e tracciare la diffusione di varianti in tutto il mondo, si è rivelata cruciale per catturare questo evento di ricombinazione virale.
Il contesto della scoperta: implicazioni per la salute pubblica
L’evento di ricombinazione è avvenuto in un momento in cui la vaccinazione di massa contro il COVID-19 ha ridotto in modo significativo la gravità delle malattie e la mortalità legata al SARS-CoV-2. Tuttavia, la generazione di nuove varianti pone nuove sfide alla gestione della pandemia. Anche se i vaccini attualmente in uso continuano a fornire una protezione efficace contro le forme gravi della malattia, eventi di ricombinazione come quello osservato in Svezia potrebbero potenzialmente influenzare la dinamica della trasmissione virale.
L’emergere di una nuova variante potrebbe richiedere ulteriori studi per determinare se questa rappresenta una minaccia significativa per la salute pubblica, soprattutto considerando che la nuova variante ricombinante non è stata rilevata in altri pazienti in Svezia al momento della pubblicazione dello studio. Al momento, non ci sono prove che suggeriscano che la variante ricombinante possa eludere completamente l’immunità indotta dai vaccini o che possa causare forme di malattia più gravi rispetto alle varianti precedenti.
